2006年3月,第五代豪华游轮长江壹号投入营运。
2006年5月30-31日,国家旅游局在广州召开了2005年度“双百强”旅行社表彰会议,长江轮船海外旅游总公司榜上有名,列百强国际旅行社第58名,旗下的上海分公司列百强国内旅行社第76名。
2006年7月国内第一张旅游借记卡“长海假期”面世,由长江轮船海外旅游总公司、中国银联、中国民生银行联合发行,是目前国内第一张经中国银监会及中国民生银行总行批准正式面向公众发行的旅游借记卡,它同时具备旅游消费和普通银行借记卡的功能。
2006年10月26日,长江海外与东方资产管理公司债务重组签字仪式在长航大厦八楼会议室举行。长江海外为实现长航集团提出的“精干主体,有效发展”的旅游战略目标,快速提升市场竞争力,着手进行企业内部改革与调整,对不良资产和债权债务进行清算。